ひとまず出来上がったものの、iPad miniのiBooks3.0では見ることができなかったEPUB3（最小のEPUB3―電子書籍を作る（４））を、EPUB Validatorでチェックすると３か所にエラーが見つかりました。
ERROR Content/HelloWorld.opf 24 22 item with id ‘ncx’ not found
ERROR Content/HelloWorld.opf 18 15 assertion failed: Exactly one manifest item must declare the ‘nav’ property (number of ‘nav’ items: 0).
ERROR Content/HelloWorld.opf 24 22 assertion failed: spine element toc attribute must reference the NCX manifest item (referenced media type was ”)
１ idに’ncx’をもつ項目が無い
２ manifest要素では、属性がnavのitemを宣言しなければならない
３ spine要素では、toc属性に示されている値（ncx）でNCX manifest item への参照が必要（参照されているメディアタイプが空）
といったカンジのエラーでしょうか。
そこで、お手本となるEPUB3フォーマット（EPUB 3 Sample Documents）のサンプルepub30-specのpackage.opfと比べてみると、epub30-specのpackage.opfではspine要素にtoc属性がありません。
<spine> ・ ・ ・ </spine>
となっているだけ。EPUB3ではナビゲーションでNCXファイルを使わなくなったそうです。
[OPF2] で定義されている NCX の機能は、EPUB Navigation Document [ContentDocs30] に取って代わられている。EPUB 3Publication は EPUB2 Reading System の上位互換性のために NCX を（OPF2.0.1 で定義されている）を含めてもよいが（may）、EPUB 3 Reading System は EPUB Navigation Document を支持して NCX を無視しなければならない（must）。EPUB Publications 3.0日本語訳
試しに、spine要素からtoc属性を外してみると、EPUB Validatorの結果は、上記１と３のエラーはなくなり、２番目のエラーだけとなりました。
また、epub30-specのpackage.opfのmanifest要素で
<item href="xhtml/epub30-nav.xhtml" id="nav" media-type="application/xhtml+xml" properties="nav"/>
という形でナビゲーション用ファイル（epub30-nav.xhtml）の宣言がされていました。
ということで、
<item href=”navi.xhtml” id=”nav” media-type=”application/xhtml+xml” properties=”nav”/>
といった宣言をHelloWorld.opfのmanifest要素に追加し、ナビゲーション用のファイルnavi.xhtmlを追加すれば２番目のエラーは無くなりそうです。
mimetype（固定ファイル）
┃
META-INF
┣ container.xml（コンテナ情報）
Content
┣ HelloWorld.opf（パッケージ文書）
┣ navi.xhtml（ナビゲーション用）
┗ HelloWorld.xhtml（本文）
EPUB3のベースは、こんなファイル構成となるのかな。
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